Ein unbeabsichtigter Zusammenstoß
Eine Theorie besagte, dass die Hunley möglicherweise versehentlich mit der USS Canandaigua kollidierte, die unterwegs war, um der Housatonic zu helfen. Diese Hypothese deutete auf einen tragischen Fall von Verwechslung oder Navigationsfehler hin, der zum Untergang des U-Boots führte. Weitere Forschungen und Analysen fanden jedoch keine stichhaltigen Beweise, um diese Kollisionstheorie zu stützen.
In einer verwirrenden Wendung wurde 2008 entdeckt, dass die Besatzung keine Maßnahmen ergriffen hatte, die typischerweise mit einem Wassereinbruch an Bord in Verbindung gebracht werden, wie das Auspumpen von Wasser. Diese Offenbarung fügte dem Rätsel eine weitere Ebene der Komplexität hinzu und deutete darauf hin, dass die Besatzung möglicherweise nicht auf eine unmittelbare Krise reagierte, oder dass die Situation in der Hunley in ihren letzten Momenten alles andere als gewöhnlich war.