Bewaffnet
Als wären die Kanonen nicht genug, wurde der Beschluss gefasst Fort Alcatraz außerdem mit Kaponnieren auszustatten, gemauerte Türme, die vom Ufer herausragten. Jeder der Fort Alcatraz einnehmen wollte, hätte sich bisher unbekannte Schwierigkeiten eingehandelt.
Ein Jahr nachdem die Bauarbeiten begonnen hatten, war die Zitadelle fertig gebaut. Es gab eine Kaserne direkt neben dem Leuchtturm. Der Leuchtturm selbst war außerdem das erste Navigationslicht, das an der Pazifischen Küste der Vereinigten Staaten von Amerika platziert wurde.