Frühe Renovierung
Ausgehend von der Kirche, welche die Mutter des Kaisers errichtet hatte, überdauerte die Grabeskirche verschiedene Störungen und Kriege, die durch Jahrhunderte der Kreuzfahrten stattfanden. Der Glockenturm der Kirche stürzte schließlich in 1545 ein, und die Franziskaner mussten die Kirche renovieren, welche seit einer langen Zeit vernachlässigt wurde. Sie mussten ebenfalls die Ädikula säubern: dabei handelt es sich um einen Schrein, der das Grab Jesu zu beherbergen schien.
Die Franziskaner Mönche hatten das Grabmal in 1555 versiegelt, um diese heilige Stätte gut erhalten zu können und zu vermeiden, dass Reisende ihre Hände auf den Ort legten, an dem einst Jesus Körper gesessen war. Die Mönche installierten eine Marmorplatte vor dem Kalkgestein, der das Grab verschloss. Jahrhunderte lang blieb das Grab ungeöffnet. Archäologen wollten schon immer zum Grab vordringen, um zu belegen, dass es sich tatsächlich um das Grab Jesu handelte.