19. Religiöser Zufluchtsort
In den späteren Jahren wurde Derinkuyu als Zufluchtsort für die in der Region ansässigen Christen gegen religiöse Verfolgung genutzt. Die Stadt war auch im 14. Jahrhundert häufig besetzt, als mongolische Armeen durch sie zogen.
Im Verlauf der Angriffe wurden religiöse Kultgegenstände im untersten Stockwerk gelagert, um den bestmöglichen Schutz zu gewährleisten. Dort wurden auch die üblichen Religionslehre weitergeführt. Am Fuße der Stadt wurden auch Kapellen gebaut, da diese Stockwerke die sichersten gegen die Eindringlinge waren.